Theo Quyết định số 07/2019/QĐ-TTg ngày 15/02/2019 của Thủ tướng Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Học viện Ngoại giao trực thuộc Bộ Ngoại giao, cơ cấu tổ chức của Học viện Ngoại giao bao gồm 15 Đơn vị trực thuộc, bao gồm:

Đơn vị đào tạo và nghiên cứu

• Viện Nghiên cứu Chiến lược Ngoại giao;
• Viện Biển Đông;
• Trung tâm Đào tạo, Bồi dưỡng cán bộ đối ngoại (FOSET);[5]
• Khoa Lý luận Chính trị;
• Khoa Chính trị Quốc tế và Ngoại giao;
• Khoa Kinh tế Quốc tế;
• Khoa Luật Quốc tế;
• Khoa Truyền thông và Văn hoá đối ngoại;
• Khoa Tiếng Anh;
• Khoa tiếng Pháp;
• Khoa Tiếng Trung Quốc.

Các cơ quan chức năng

• Ban Đào tạo;
• Phòng Quản lý Khoa học;
• Trung tâm Thông tin, Tư liệu;
• Văn phòng;